נערכה התייעצות והמפקד החליט על כניעה. הוא שלח רובאי עם דגל לבן שנפגע מפגז מיד עם התרוממותו. לכן, החליט אברהם שורצשטין שלא לסכן שליח נוסף, ובחר לשים את נפשו בכפו וללכת בעצמו לקראת המוות, על מנת להציל את פקודיו.
הוא הוריד את גופייתו במטרה להשתמש בה כדגל לבן, התרומם אך נפגע בחזהו. עתה הצטרפה אליו האלחוטאית מירה בן-ארי (אם שנשארה במקום, אף כי האמהות הוצאו ממנו) וכשמטפחת לבנה בידה צעדה, ביחד עם אברהם, לעבר המצרים. הם הצליחו להתקדם כמה עשרות צעדים לעבר קבוצת קצינים מבלי שיאונה להם רע, אולם דווקא בהתקרבם אליהם כדי מגע יד וכדי לדון בכניעה, ירה אחד מהם והרג את המפקד אברהם, לעיניה של מירה בן ארי. או אז שלפה מירה אקדח והרגה את הקצין המצרי. היה זה יוזבאשי עבד אל מונעים חליף מפקד פל' 1, שצויין בזכרונותיו של נאצר, כגיבור. חבריו של זה ירו במירה והרגוה מיד.
ייתכן שהמעשה השפיע גם על מפקד הפעולה המצרי, שכן מיד לאחריו, פקד להפסיק את האש, קרוב לשעה 16:00. סביב המקרה, נרקמו ע"י המצרים, כיד דמיונם המזרחי הפורה, אגדות ממש. המאורע פורסם על ידם אפילו בעיתונות.
אותה שעה פסק סגן מפקד המחלקה של אברהם על השמדת הנשק, כך שלידי המצרים לא נפל בבניין נשק ראוי לשימוש. סיכום האבדות היה 33 הרוגים (18 חיילים ו- 15 חברי משק), 16 פצועים, בהם שתי בחרות, שאחת מהן מתה בביה"ח במג'דל. המספר היה גדול יותר אילולא מנעו הקצינים המצריים את הלוחמים הבלתי סדירים ואת המקומיים, שפרצו לניצנים בעקבות הצבא המצרי לבוז בו , מלפגוע בהם ולרצחם בדם קר.
הפצועים והבריאים - 105 איש הועברו לשבי המצרי, כשהמצרים מנצלים את מסעם לשבי לצורכי תעמולה, ע"י הצגתם לראווה בחוצות מג'דל ועזה. גם לציבור במצרים עצמה הכינו שופרות תעמולה, "הפתעות", על קרב ניצנים: חברת הסרטה צילמה שחזור כללי של ההתקפה, שבוצע לכבוד המלך פארוק ע"י הכוחות המשתתפים. בשיחזור זה השתדלו כל המפקדים המצריים החשובים להתבלט כלוחמים בקו ראשון. בסרט שנפל לידינו, רואים את גנרל מואוי, מפקד חיל המשלוח, מתרוצץ כאריה בנושא ברן וגם את פארוק רואים צופה משקפת על הקרב...
ניצנים שוחררה ב-27.10.48 במהלך מבצע יואב. שבויי ניצנים הוחזרו לישראל במחצית 1948, אחרי חתימת הסכמי שביתת הנשק.