הצי הימי נחשב מאז ומתמיד כזרוע הצבאית הבכירה והיוקרתית ביותר של האימפריה הבריטית. עבור הבריטים היוו על כן החבלות שביצעה 'החוליה' פגיעה איכותית - מעבר למשמעויותיהן הצבאיות והפוליטיות - בתחושות הכבוד והעוצמה שלהם בתוך מכלול קשריהם עם היישוב היהודי. הבריטים התייחסו בכובד ראש ל'חוליה' ואף כינו את אנשיה: "frogmen" ("אנשי- צפרדע"), שם שגור ללוחמי קומנדו ימי.
הבריטים השקיעו משאבים ומומחים בניסיונותיהם לסכל את הפיגועים, בהנחה שניצב מולם כוח מאורגן, מיומן ומצוייד במכשירי צלילה תיקניים. לאחר החבלות הראשונות בספינות המשמר בנובמבר 1945, הם החלו לנקוט אמצעי זהירות מוגברים, כגון: הצמדת הספינות לרציפים, מתיחת מחרוזת אורות בדפנות הספינות כדי להאיר את פני המים, הצבת זרקורים, הנחת רשת היקפית סביב אזור המעגנים ועריכת סיורים ברציפי הנמלים ובקרבת האוניות.
בעקבות החבלה ב- 22 באוגוסט 1946 באוניית הגירוש "אמפייר רייוול", החלו הבריטים לערוך מפעם לפעם חיפושים מדוקדקים אחר "אנשי צפרדע יהודיים" כהגדרתם, בישובים היהודיים הסמוכים לחוף הים - ובמיוחד בקיבוץ שדות-ים בו שכנה מפקדת הפלי"ם. בשידורי החדשות של הבי.בי.סי. הודו, כי ההתקפה על אוניית הגירוש הייתה מבצע חבלה למופת. כלקח החליטו הבריטים שאוניות הגירוש יעגנו בנמל קפריסין ויפקדו את נמל חיפה לצורך העלאה והורדה של מעפילים בלבד.
אנשי צפרדע בריטים, ובראשם הצוללן הנודע מימי מלחמת העולם השניה, קומנדר קראב, ביצעו בנמל חיפה פעולות לתפישת לוחמי 'החוליה', שכללו איתור מטענים וניטרולם, הטלת פצצות עומק נגד צוללים ופעילות מודיעינית מקפת. הבריטים רשמו לזכותם הצלחות אחדות בתחום המודיעיני, שכללו חשיפת ההכנות לפיגוע ב"שיטת החבלים" והטמנת המטען במזח הדלק, וכן לכידת לוחמים שהתארגנו לתקיפה בקפריסין. היערכותם ההגנתית היעילה צימצמה במידה מרובה את מרחב התימרון של אנשי 'החוליה' והפחיתה את כמות הפגיעות בכלי השייט שלהם.
עם זאת, נכשלו הבריטים בלכידת לוחמי 'החוליה' בשעת מעשה או בעת הנסיגה מהיעד. פעולות 'החוליה' היוו הטרדה פיסית ופסיכולוגית, וקריאת תיגר מתמדת שגרמה להם לשיבוש התארגנותם הימית במאבקם נגד ההעפלה.