'החוליה' - יחידת החבלה הימית של הפלמ"ח, הוקמה במסגרת הפלי"ם ופעלה מתוכו. שרשרת הפיקוד של 'החוליה' נקבעה על-פי אופיים המיוחד של פעולותיה. המאפיינים שייחדו את 'החוליה' היו החשאיות והעצמאות של פעילותה המבצעית: פעולותיה סיכנו את חיי המעפילים, בעוד שתקיפות אחרות של 'תנועת המרי העברי' כוונו כנגד יעדים צבאיים בלבד; מרבית פעולותיה בוצעו, בעת שפעולות אחרות של 'המאבק המזויין' הושעו מסיבות פוליטיות כמו החשש שפגיעה בכלי שייט השייכים לזרוע הצבאית היוקרתית ביותר של השלטון הבריטי יגרמו לערעור מוחלט של יחסיו עם מוסדות היישוב המאורגן.
ייחוד זה חייב, כאמור, שרשרת פיקוד מיוחדת, שבה היו מעורבים כל הגורמים, החל מהדרג המדיני ובראשו דוד בן-גוריון, שכיהן כיושב-ראש הנהלת הסוכנות היהודית, ומדצמבר 1946 החזיק גם בתיק הביטחון בהנהלה הציונית; עבור למיפקדת ה'הגנה' וגמור במטה הפלמ"ח ומטה הגדוד הרביעי, שהפלי"ם נכלל בו.
אופיין המיוחד של הפעולות חייב את לוחמי 'החוליה' לציות מוחלט למרות המוסדות המוסמכים, גם כאשר הדרג המדיני ומיפקדת ה'הגנה', הציבו מגבלות או אף פסלו תכניות וביטלו מבצעים לאחר שכל ההכנות כבר נשלמו. רק במקרים בודדים נטלו לוחמי 'החוליה' יוזמה עצמאית.
דוגמאות לגילויי משמעת של לוחמי 'החוליה': ציות להוראה שהתקבלה ברגע האחרון לבטל את החבלה במנהרת הרכבת בלבנון, ואת החבלה במשחתת בריטית באמצעות הטורפדו הימי "כריש". דוגמאות להפרת משמעת - ניסיונות 'החוליה' בגיבויו של מפקד הפלמ"ח, יגאל אלון, לחבל במשחתת בריטית ללא אישור מתאים ממיפקדת ה'הגנה'. בעקבות אחד הניסיונות אף הועמד אלון לדין וננזף. גם ניסיון החבלה באוניית הגירוש "אמפייר רייוול", בספטמבר 1947 בנמל המבורג, נעשה ללא הסמכה כנדרש.
ההנחיות לפעולות החבלה של אנשי 'החוליה' נמסרו בדרך-כלל בעל-פה, מאחר שאופי מיבצעיהם חייב שמירה על חיסיון. כך גם ניתנה להם פעמים רבות הזכות לשיקול-דעת עצמאי בבחירת יעדי התקיפה, אופניה ועיתויה. באוגוסט 1946, התירו הדרג המדיני ומיפקדת ה'הגנה' ללוחמי 'החוליה' לקבוע האם ומתי לפעול כנגד אוניות הגירוש בלא לחכות להוראה מפורשת. להיתר זה ניתנה לעיתים פרשנות גורפת, שעוררה מורת רוח בקרב אנשי 'המוסד לעליה ב' המופקדים על ההעפלה.
חלק מהיוזמות לפעולה שמקורן ב'חוליה' לא עלו יפה. בניסיון החבלה בספינת משמר בחוף בת-גלים ליד חיפה, הועמדו כמעט בסכנה חייהם של אנשי פלי"ם שהסתתרו באוניית מעפילים נטושה שעגנה בסמוך. במקרה אחר חשפה מיפקדת ה'הגנה' בחיפה את תוכניתו של לוחם 'החוליה', איזי רהב, להחדיר מטען חומר נפץ לבניין מנהלת נמל חיפה, ופעלה לעצרו.
כל מבצעיה של 'החוליה' בתקופת המאבק בבריטים הושפעו מהתנאים המיוחדים של פעילותה.